Компенсация, выплаченная работнику на основании решения суда в случае нарушения работодателем срока выплаты заработной платы, подлежит обложению НДФЛ
Если при выплате указанной компенсации работодатель не удержал сумму НДФЛ, то после выявления данного факта организация обязана удержать НДФЛ при выплате работнику текущих доходов.
Также сообщается о необходимости представить уточненные расчеты сумм НДФЛ, исчисленных и удержанных налоговым агентом (форма 6-НДФЛ), за соответствующие периоды.
Источник: consultant.ru