Уточнен круг получателей компенсации. Согласно новой редакции получателями компенсации являются только резиденты Особой экономической зоны в Калининградской области (исключены юрлица, госрегистрация которых была осуществлена в Калининградской области и которые по состоянию на 1 апреля 2006 года осуществляли деятельность на основании Федерального закона «Об Особой экономической зоне в Калининградской области).
Постановлением предусмотрено также изменение периода, принимаемого в расчет: ранее расчет производился в отношении сумм, уплаченных с 1 января по 31 декабря предшествующего года, теперь — в отношении сумм, уплаченных в текущем финансовом году, на дату расчета.
Кроме того, уточнены некоторые процедурные сроки, связанные с рассмотрением администрацией заявлений.