Проектом предусматривается ведение в составе единой системы, в частности:
федерального реестра медицинских документов о смерти и федерального реестра медицинских документов о рождении;
вертикально интегрированных медицинских информационных систем по отдельным профилям оказания медицинской помощи, заболеваниям, состояниям;
подсистемы обращения лекарственных препаратов, обеспечивающей ведение информационных ресурсов и баз данных, содержащих сведения об обращении лекарственных препаратов с целью предоставления гражданам услуг в сфере здравоохранения в электронной форме;
подсистемы поддержки функционирования ситуационного центра единой системы, предназначенной для обеспечения управления качеством обслуживания, непрерывностью и доступностью услуг и сервисов, управления информационной безопасностью.
Кроме того, согласно проекту не допускается размещение в единой системе сведений о медицинских организациях, подведомственных федеральным органам исполнительной власти, в которых федеральными законами предусмотрена военная служба или приравненная к ней служба, если такие медицинские организации не приняли решения о представлении информации в указанную систему.