Основным источником доходов фонда являются страховые взносы на обязательное медицинское страхование (ОМС), а также трансферты из федерального бюджета.
Предполагается, что общий объем доходов фонда в 2023 году составит 3 135 млрд. рублей, расходов — 3 219 млрд. рублей. Таким образом дефицит бюджета может составить 83,9 млрд. рублей.