Согласно законопроекту организация, получившая статус налогоплательщика — участника СЗПК, в случаях, предусмотренных положениями соответствующих глав части второй НК РФ, вправе будет уменьшать подлежащие уплате в бюджет суммы налогов (суммы авансовых платежей по налогам), на налоговые вычеты в размере фактических затрат, по которым предусмотрено предоставление мер господдержки (налоговые вычеты для СЗПК).
В целях применения налогового вычета уполномоченный федеральный орган, который подписывает соглашение, представляет налоговым органам уведомление о налоговом вычете для СЗПК.
В отношении такого участника СЗПК проводится налоговый мониторинг, в рамках которого налоговым органам должны представляться документы (информация) (или доступ к документам (информации), относящиеся к осуществлению таких затрат.
Для целей применения налогового вычета налогоплательщику необходимо будет обеспечить ведение раздельного учета.